候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近成功了。在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体作转生容器，但被鼬的幻术定住。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。

  后来他集结势力，在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲（动画原创人物）、鬼灯水月、重吾（北方据点）、香燐（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近）等。

  大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。

  五十岁时他跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃行动”。

  他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。

  并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他寻求力量。

  后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。

  在战斗前，大蛇丸以秽土转生的形式将初代目火影与二代目火影复活，将他们的意志完全抹杀，二人无法发挥原本的实力。在战斗过程中，使用水遁忍术与木遁秘术与猿飞日斩展开激烈的战斗，他在往日的师父面前露出自己的真面目，面具下一个不为人知的年轻貌美的女忍者的脸，

  去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此人的身体作自己之用长达多年(此时大蛇丸虽然灵魂没变，但在生理上完全是个女人，无面具伪装时说话声音为此女的声音)。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。