为达到个人目标的同时却又抛弃和牺牲其他人的性命（包括自己的部下）做实验体，导致主角等人、木叶村的同伴，甚至连后来加入的组织“晓”的成员视他为敌人，故成为该动漫作品前期中的反派人物。因为幼年时期的自我想法，成为他日后行事作风的源头。

  大蛇丸自幼父母双亡，与自来也、纲手为木叶隐忍者学校的同期学员。六岁在忍者学校毕业后，被分配到三代目火影猿飞日斩所带领的班级。

  他被第三代火影评为“是个才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才”，因此得师父器重，也让自来也对其产生嫉妒之意，认为“猿飞老师心中只有大蛇丸一个”。

  大蛇丸（小时候）因此在年幼时，他跟自来也的关系一直处于互相支持，同时也互相竞争的状态（如同旗木卡卡西所说的，就像漩涡鸣人和宇智波佐助的关系一样）。

  因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本性善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，感觉到人生的短暂，而大蛇丸本身热爱研究，所以便开始研究不老不死之术以及复活死者的术。

  大蛇丸和红豆在第二次忍界大战中，大蛇丸和自来也、纲手曾联手跟雨隐村头目“山椒鱼半藏”对战。其他木叶忍者死伤过半，只有他们三人能支持到最后，半藏因而赋予他们“木叶三忍”的称号。

  而在当年的雨隐村任务中，他们三人亦偶遇上三名雨隐村的孤儿，小南、弥彦和长门。

  原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因为有自来也的维护的存活下来，更得到自来也传授忍术。

  大蛇丸当过御手洗红豆的老师，是木叶备受尊敬的忍者，也曾经一度被认为是第三代火影的继承者。

  亦曾经担任根的成员，并招揽了药师兜成为他的情报收集员及得力助手。但后来由于潜心研究禁术，并抓走村中忍者作为实验对象。令第三代火影及暗部注意上他的古怪行为，最终他叛离木叶，成为叛忍。（当时仍处于全盛时期的三代本欲杀他，但最后于心不忍）

  他叛离木叶的时候，自来也曾经追上去挽留他，但还是无法改变他背离木叶的决定。自来也往后仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。

  在刚获得风魔一族的认同后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。

  蝎（绯流琥形态）与大蛇丸加入晓之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。相信在那时