遁”这种封印尾兽的手段失传了，于是日斩和团藏举全村之力展开了对柱间细胞的研究，想要让木叶重新拥有木遁。但随着大批志愿者在实验中牺牲，三代不得不喊停，所有的相关记录都作为黑历史被封存。

  但团藏却没有放弃，他不在乎要牺牲多大，不达目的不罢休。他伙同大蛇丸偷偷从周边村落绑架婴儿，私自进行实验，六十多名婴儿几乎全部死去，但在残忍的代价下，真的有一例成功了。团藏培养出了除柱间外另一个能够使用木遁的忍者，大和。

  但他没有把大和的存在告诉日斩，也许是出于私心，也许是因为他的行为本就是不可告人的禁忌。但后来当日斩发现这名木遁忍者的时候，并没有治团藏的罪，只是率领暗部将团藏的老巢里三层外三层的围起来，将那名木遁忍者要到了自己麾下。日斩对团藏非常宽容，只要他的罪行不闹得沸沸扬扬全村皆知，他都是睁一只眼闭一只眼的。

  后来忍界爆发了第三次大战，为了增强根组织的战时情报能力，团藏来到木叶村附近的孤儿院，强行召回了已经隐退的情报精英药师野乃宇，并在大蛇丸的建议下将年少的药师兜征入根组织。

  兜和野乃宇对根、对木叶做出了卓越贡献，但他们没有得到任何回报，团藏早已做好了“兔死狗烹”的计划，他们搜集的情报越多，就离死期越近。团藏这种“只要潜在威胁大于价值，就将其铲除”的做法，把原本善良的药师兜逼上木叶的对立面，造就了一大反派。

  在第三次忍界大战中，团藏还干了一件影响忍界命运的大事，他害死了雨之国晓组织的首领，弥彦。当时战争接近尾声，木叶最后的强敌是岩隐村，他们将中间的雨之国作为战场进行战斗。团藏则率领根假扮岩忍，在雨之国烧杀抢掠，想要激化双方的矛盾。在这个过程中，他发现这里有一股名为“晓”的势力正在崛起，其成员竟然拥有传说中的轮回眼，并且正打算和山椒鱼半藏结盟。

  在此前的第二次忍界大战中，雨隐村光是一个半藏就让木叶头疼不已，自来也、纲手、大蛇丸三人都无法取胜，如果再加上这个神秘的晓组织，雨隐必将对木叶构成巨大威胁，团藏决定搞破坏。

  他心生一计，将那些被根杀害的平民尸体呈到了半藏面前，污蔑晓组织是杀人凶手。团藏：“拨开晓冠冕堂皇的外衣，您会发现他们不过是一群企图颠覆村子的贼子！“

  半藏本就是个生性多疑的人，他的守卫二十四小时一换，连小孩靠近都要彻底搜身。此前他听说晓的创始人是他曾经的敌手自来也的徒弟时，便有一些不安，现在团藏的话，就像是印证了他的疑心，不需要多么精妙的谎言，便让半藏决定对付晓。

  最后在双藏大军的联手设伏下，弥彦陨落，初生的晓覆灭了。但团藏又没把事情�