但这引起了团藏的强烈不满，明明可以获得胜利，却主动休战，他将其称为“简直和打了败仗一样”。他和日斩出现了严重的分歧，甚至联合门炎、小椿向他追责。为了给这场“付出巨大牺牲却无果”的战争一个交代，日斩卸去了火影之职。

  不过他之所以能放心卸任，是因为下一任火影的最佳人选已经出现——自来也的弟子，他的徒孙波风水门。而团藏提出的人选“大蛇丸”被他极力否决了，虽然大蛇丸是他最心爱的弟子，但他知道他对“火之意志”毫无兴趣，他举荐水门不为亲、只为贤。虽然现在的水门经验尚浅，但只要自己在身边辅佐一段时间，必将成为优秀的火影。也是因此，日斩退休后没有退居幕后，他和四代几乎形成了双影共治的局面。

  不久后，水门的妻子漩涡玖辛奈怀孕。这本是一件喜事，但玖辛奈有一个特殊的身份——九尾人柱力，人柱力在分娩时极度虚弱，封印有被突破的可能。为了村子的安全，日斩让水门夫妇前往远离村子的密室生产，为了尽可能保密，他让自己的妻子去帮玖辛奈接生。

  尽管做好了万全的准备，意外还是发生了，九尾不但突破封印，甚至直接出现在了村子里。面对这前所未有的灭村危机，日斩下令让年轻一代的忍者全部去避难，不许接近九尾。村子被毁可以重建，但村子的未来必须保存下来，他令警务部队宇智波一族在后方保护村民，自己率领暗部和其他上忍与九尾战斗。

  日斩通灵出了猿猴王猿魔，虽然从体型上来看，猿魔远不如蛤蟆文太这些大型通灵兽，但它的特别之处在于可以变化成一件武器——如意金箍棒。金箍棒伸长，一万三千多斤的分量，直接把九尾顶出了村子。

  但日斩毕竟是年纪大了，很快体力不支，这时九尾蓄力了一枚尾兽玉，瞄准了村子。危急关头，波风水门终于击退了带土，赶回木叶，用飞雷神将九尾转移到了远方。等日斩赶往支援时，水门夫妇已经张开结界，使用了漩涡一族的天之锁，和禁术尸鬼封尽。日斩想要上前，也许是想代替前途无量的水门和九尾同归于尽，但他无法穿过结界，最终九尾的灵魂被分成两半，封印在了水门和他的孩子体内，水门夫妇也因此牺牲。

  弥留之际，玖辛奈将孩子托付给了日斩：“孩子的名字叫鸣人。这是水门和我，根据自来也老师的小说起的名字。”日斩郑重的说：“鸣人吗，我一定会照顾好他，我保证。”

  灾难过后，除了重建村子，首要任务就是填补火影的空缺。此时自来也正云游四方，纲手也已离开村子、逢赌必输，卡卡西那一代又年纪太轻，木叶处在青黄不接的境地。会议上，团藏正想趁机登上火影之位，日斩抢先开口：“我愿担此重任！到下任火影成长起来为止，只当我是个过渡。”这下团藏又炸了，当年二代选择�