阻止了他，理由是“让他们活着，能多干掉几个晓的成员”，这个理由连佐助都说牵强，恐怕是大蛇丸想要帮木叶村保住一个人柱力吧。

  在入侵木叶的一战中，大蛇丸的双手被三代火影拼死封印，无法结印使用忍术，身体也濒临崩溃，只能依靠药物缓解手臂腐烂的痛苦。他曾求助于曾经的同伴、当代医疗忍术最好的忍者纲手，以复活她的弟弟与爱人为条件，希望她给自己治疗，但纲手拒绝了。面对这个背叛木叶、杀死恩师的男人，她的眼里只有杀意。

  两人间直接爆发了战斗，随后自来也赶到，曾经的木叶三忍，此刻已成宿敌。起初残疾的大蛇丸和晕血的纲手、被下药的自来也战了个旗鼓相当，但后来纲手克服了晕血的弱点，自来也也恢复了状态。尽管冒险通灵出暴躁的万蛇，但以一敌二，大蛇丸很快败走。此时他只剩一条路可走了，就是尽快进行转生仪式，获得新的身体。

  大蛇丸原本将君麻吕视为自己的转生容器，作为大筒木后裔的辉夜一族幸存者，君麻吕拥有堪比千手一族的仙人体质，同时自愿献出身体，本是完美人选。可惜由于先天疾病，君麻吕活不了多久了，大蛇丸只好选择了宇智波佐助。现在他的身体已至极限，转生计划也不得不提前，于是派出音忍五人众，让他们立刻把佐助带来。

  此时佐助刚刚见过鼬，复仇的欲望正盛，明知大蛇丸是想占有他的身体，他也在所不惜：“现在的我和大蛇丸，都无法打败鼬。但如果把我的身体给大蛇丸，就能有足够的力量，这条命要多少给多少！”于是佐助主动跟着他们前往大蛇丸的据点。

  但由于路上接连遭遇了木叶的特别上忍，以及鸣人、我爱罗小队的拦截，他们耽误了太长时间，大蛇丸残破的身体实在坚持不住了。结果等佐助姗姗来迟的时候，他已经转移到了临时选择的路人身上，转生术也进入了长达3年的冷却。好在大蛇丸不缺时间，为了美好的未来，他愿意等这三年。

  三年过去了，大蛇丸把佐助视为下一个自己，自然是悉心培养，于此同时，也在关注着晓组织的动向。大蛇丸虽然曾是晓的成员，但从始至终都没有忠于过晓，甚至一直想灭了晓。依靠安插在蝎那里的双面间谍药师兜，他们将蝎引诱至天地桥，想要将其干掉，但大蛇丸万万没想到，就在数天前，蝎已经被干掉了。直到兜发起偷袭，他们才发现，这个蝎是木叶忍者假扮的，而且来的人中还有九尾人柱力，鸣人。

  大蛇丸饶有兴致的想测试一下鸣人的实力，看看三年来在自来也的教导下，他和佐助谁变得更强了。不过鸣人见到大蛇丸后怒不可遏，直接暴走，进入了四尾状态。四尾状态的鸣人已经没有了自我意识，连皮肤都被蒸发，已然是个小型九尾，之前自来也为了制服这个状态的鸣人，付出了不小的代价，而大蛇丸此时的状态并不好，虽然通过转生复原�