此时的鼬仍然以为自己可以安排佐助的命运，但他快就发现自己错了，佐助见过鼬后，原本快要被友情压抑的复仇之火重燃，为了尽快获得力量，他竟然离开村子，投奔了大蛇丸。

  三年后，晓组织正在抽取一尾人柱力的尾兽时，发现木叶和砂隐的忍者找到了他们的据点。听说来者中有鸣人，鼬主动申请去拦截他们，一方面他担心鸣人这个木叶的柱力落入晓的其他人手中，另一方面，他想看看鸣人这几年的成长，是否能承受自己的托付。

  自从上次见面后，鸣人一直在自来也的指导下修行，进步神速，看到鸣人使出大玉螺旋丸，鼬知道鸣人有足够的潜力。但他不确定鸣人对佐助的感情有多坚定，所以没有立即把重任托付给他。

  此时佐助在大蛇丸的指导下，掌握了天之咒印的力量，开发了s级忍术麒麟，之后更是吞噬了大蛇丸。虽然尚未开启万花筒，但佐助仍然以为自己的实力足以杀死鼬了，于是他组建了一支小队，开始寻找鼬。而木叶村在经过支援砂忍和飞段角都的事件后，终于腾出手来，鸣人、卡卡西、大和等人组建了精锐小队，开始了第二次佐助夺回行动。

  但鸣人还没找到佐助，就再次遇到了鼬。鼬已经做好了去见佐助最后一面的准备，在此之前，他有个东西要交给鸣人。鼬问鸣人：“你为什么对我的弟弟这么执着？那家伙是叛忍吧。”鸣人说道：“与你相比，我更把他当做兄弟。”听到这样的回答，鼬笑了，这应该是他离开村子后第一次笑得如此欣慰，看到世界上还有人爱着佐助，他很高兴。

  鼬把止水托付给他的眼睛交给了鸣人，并设置成了一旦见到自己的万花筒，就会自动施展别天神。为了让佐助和木叶紧紧联系在一起，他做了多重保险，这是最后的一重，如果最终佐助与木叶为敌，将他视为兄弟的鸣人一定会去阻止，彼时能够改写他人意志的幻术别天神，就会迫使佐助“守护木叶”。只是鼬没有想到，最终中了这个术的人是他自己。完成这个布置后，鼬用分身告诉了佐助自己的位置，在宇智波家族的据点，静待着自己的最后一场戏。

  佐助的队友被鬼鲛拦下，独自赴约。他回想着记忆中幸福的家庭，直到那个血腥的夜晚，宇智波一族的仇、父母的仇，终于到了清算的时刻。此时的鼬因为长期使用万花筒快要失明，但他还是强撑着陪佐助战斗。佐助再次问他为什么要灭族，他不信鼬做这种事会没有理由。为了让佐助把仇恨集中在自己身上，鼬编造了一个“真相”。

  鼬：“你知道万花筒写轮眼的秘密吗？”佐助不解，鼬继续半真半假的编着：“万花筒写轮眼自开启的那一刻，便走向黑暗，使用越多封印就越严重，直到失去光明。只有移植亲兄弟的万花筒写轮眼才能恢复，并获得永恒的力量。当年之所灭族且不杀你，就是为了刺激你开启万