二人交战时最初不分上下，第三代火影虽被称为“最强火影”，但由于年迈体衰，

  实力不如年轻时期，无法招架，只好使用当年四代目火影封印九尾的忍术——尸鬼封尽，三代目火影用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，大蛇丸操纵草雍剑将第三代火影重创，最终未能完全封印大蛇丸，只废了他的双手，使其无法使用忍术。

  他的双手被废掉后，失去了使用忍术的能力（因为绝大部分忍术皆要以手结印和提炼查克拉才能使出），只好带领音忍撤退。

  砂忍后来才知道真正的风影已被大蛇丸暗杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃计划”，最终以失败告终。

  大蛇丸为了治疗双手，他和手下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。

  由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和情人复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。

  最初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点稳占上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。

  鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。此时大蛇丸和自来也正打得十分激烈，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，结果剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。

  这之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝说佐助投靠音隐村。佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。）临时以所捕忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。

  尽管后来音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕彻底死亡，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。

  三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索。

  鸣人等人按照指示到达天地桥，却遇上了大蛇丸。大蛇丸跟因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗(兜称这为‘怪物之间的战斗)，及后却因身躯已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。

  但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后�