�月的流逝，令大蛇丸吃惊的是，试验体大和存活了下来

  日斩成为火影后，团藏以暗部培训部的名义成立属于自己的独立组织“根”，并以领导者的身份在暗处活跃着。

  曾将有才能的孤儿兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。

  他亦曾与其他野心家有所联系，如曾与雨忍首领山椒鱼半藏合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正在崛起的新势力，导致弥彦的死亡及长门（即后来的佩恩）性格理念上的扭曲，曾与大蛇丸有所接触，故为掩饰此事正加派人手追捕大蛇丸的部下药师兜。团藏以“一切都是为了木叶忍者村”的信念为由，在暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展；

  而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法，在筛选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。

  宇智波一族发动政变也被木叶高层注意，团藏也因此策划着一举铲除宇智波一族以绝后患的计划。因为他无法信任宇智波一族，所以夺取了本想阻止宇智波一族谋反的止水的右眼，并以“可以保全佐助的性命”为理由叫双重间谍身份的宇智波鼬做出选择。鼬一方面为了村子的未来，一方面为了保护弟弟佐助，而接受了灭族任务，并在之后成为叛忍，团藏的计划得以继续实行。

  在“根”解散后，团藏曾一度失势，但仍有其成员待在暗部，甚至是继续效忠团藏。当纲手继任为第五代火影时，团藏对她继续贯彻日斩的政策而有所不满，并在新卡卡西班成立时安排自己的亲信佐井进入新卡卡西，让佐井在新卡卡西班的任务中暗杀已经成为叛忍的佐助，但后来由于种种原因而导致暗杀佐助的任务失败。团藏得知此事后，说出“感情带来仇恨，仇恨导致战争”的话语。

  之后“晓”的首领佩恩为了捕获九尾而袭击木叶，团藏为了趁机夺取火影之位，而杀了正要前往妙木山通知战事的联络蛙孝介，试图隐瞒战事来牵制住鸣人的行动范围[11]；并召集过去的“根”成员，下令让木叶陷于佩恩入侵的苦战中而不伸出援手。纲手在佩恩入侵一战后因虚耗过度陷入昏迷中，团藏便趁机在火之国会议中直指纲手已不能履行职责，应委任新一任火影，更力数过往火影治理上的不当，唯有自己才是最理想的人选，最终被大名指定为“第六代火影”。

  团藏在成为火影后立刻将宇智波佐助定为叛忍并下达追杀令，亦允许雷之国忍者前往追杀。

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